消毒剂通过分子碰撞原理接触病源体，干扰病原体的重要酶系统，影响菌体代谢的消毒剂。主要有氧化剂和卤素类消毒剂。此类消毒剂是通过氧化还原反应损害细菌酶的活性基因或因化学结构与代谢物相似，竞争或非竞争性地同酶结合，抑制酶的活性，引起菌体死亡。高浓度时具一定毒性，可用于空室消毒。通过分子碰撞原理，即通过消毒剂分子碰到病原微生物杀灭病原微生物。这类消毒剂的配比浓度越高，消毒剂分子就越多；温度越高，消毒剂分子运动越快；环境中有机物越少；消毒剂分子碰到病原微生物机会就越多，消毒效果越好。具体使用时，须注意配比浓度(比如75%酒精)、环境温度和环境中有机物浓度。 

  通过正负电子碰撞原理，即消毒剂所带正电荷能主动吸引和吸附表面具有负电荷的物体，如细菌、病毒蛋白质、墙壁、玻璃、设备、和器具内外表面。

正负电子相吸引，使消毒剂分子与细菌、病毒蛋白质接触，产生杀灭作用。如目前广泛使用的季胺盐类阳离子表面活性剂。此类消毒剂能增加病原体细胞膜的通透性，降低病原体的表面张力，引起重要的酶和营养物质漏失，使病原微生物的呼吸及糖酵解过程受阻，菌体蛋白变性，水向菌体内渗入，使菌体破裂或溶解而使病原体死亡，呈现杀菌杀病毒作用。

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